Der Name der Siedlung geht auf das gleichnamige Kloster zurück, das 1242 gegründet und als monasterii felicis porte (latein: Kloster zur glücklichen Pforte) bezeichnet wurde. Die heutige Bezeichnung der Siedlung ist seit 1273 belegt.
In den folgenden Jahrhunderten wuchs das Kloster rasch und mit ihm auch der Ort, in dem die Klosterbediensteten lebten. Das klösterliche Leben endete 1576 mit dem
Tod der letzten Äbtissin Anna von Kuedorf und das Kloster wurde aufgelöst. Die Besitzungen gingen an den Landesherren. Nach der Rekatholisierung der Pfalz wurden die Klostergüter 1671 den
Salesianerinnen übergeben, was Seligenporten zu einem wirtschaftlichen Kleinzentrum aufsteigen ließ. 1803 übernahm der bayerische Staat den Klosterbesitz und veräußerte ihn an
Privatpersonen.
Als Anfang des 19. Jahrhunderts in Bayern Gemeinden eingeführt wurden, war Seligenporten mit dem Ortsteil Schwarzach zunächst eine eigene Gemeinde. Am 1. Oktober
1970 wurde sie zusammen mit Rengersricht und Oberhembach nach Pyrbaum eingemeindet.